Desde mediados del siglo XVI hay constancia documental de la presencia de dos órganos, el de tres fuelles y el realejo. Para este se construyó esta tribuna de tan bella decoración, de ángeles en los canes, y casetones con rosas. También elegante balaustrada de columnas sobre altos plintos.
El órgano actual, puesto ya sobre la magnífica tribuna, es de 1859. Es órgano de los llamados Cavaillecoll y se compró en París por mediación de la casa Petit y las partidas de su adquisición son las siguientes:
Coste del órgano....................................15.200 reales
Porte de París a Madrid.............................4.900 reales
Porte de Madrid a Arroyo..............................620 reales
Colocación del órgano..................................460 reales
Gestiones en Madrid....................................16 reales
Total..................................................21.340 Reales
El organero de la Capilla Real de Madrid Antonio Domínguez cobró 416 reales por venir a reconocer y valorar el órgano viejo de la iglesia. Actualmente la Junta de Extremadura ha restaurado el órgano y lo ha colocado en la tribuna.
.gif){kind=small}
